Edificio diseñado por el arquitecto Rafael Moneo, fue inaugurado el 19 de septiembre de 1986 para dar cabida a la gran colección de arte romano existente en Mérida. El origen de este museo tiene sus orígenes en la Iglesia de Santa Clara, donde puede disfrutarse de la Colección de Arte Visigodo, perteneciente también al Museo Nacional de Arte Romano.

El museo permite no solo entender la importancia de lo que un día fue Augusta Emerita, capital de la Lusitania y también de Hispania, sino comprender también diferentes aspectos del día a día en aquella ciudad romana como son la religión, el ocio, la vida y la muerte. Todo ello, a través de grandes esculturas, imponentes mosaicos, pinturas y también, pequeños objetos.